A ver, la teoría es que si las dejas centradas totalmente (supongo que la suela de la zapatilla tiene marcada una guía), con esos 6 o 9º de rotación libre te debería dar juego la rodilla para no dolerte.
En cuanto a atrasar o adelantar, en la suela de la zapatilla la guía que lleva (o a ojo) está pensada para que en esa talla de zapatilla, si la dejas centrada, el apoyo sea en el metatarso que es donde debe apoyar para tener más eficiencia y por tanto no tener que cargar el gemelo o los isquios demasiado.
En cuanto a desplazar lateralmente puedes jugar un poco porque depende de la anchura de la cadera, la pierna puede necesitar ir más o menos pegada al cuadro, pero tampoco creo que eso sea la causa del dolor, normalmente la geometría de la bici también está pensada para unos márgenes biométricos en los que entrar si tienes un cuerpo normal y dejas todo centrado.
Y ojo también porque el dolor de rodilla puede venir porque tengas mal ajustada la altura y/o la inclinación del sillín, y justo en la zona de apoyo máximo tengas un mal ángulo de rodilla.
Así que mi consejo es que busques el punto medio de todo para buscar neutralidad absoluta y a partir de ahí, ir moviendo poco a poco, los ángulos, de uno en uno, para no mezclar variables, e ir probando hasta que estés cómodo.
Y si ya quieres algo más exacto y profesional, un estudio biomecánico, hoy ya no están tan caros. 😉