Es posible que al cambiar las pastillas el disco haya quedado desalineado respecto de la pinza de freno, bien por el hecho de desmontar y montar la rueda o bien porque con el cambio de pastillas no has presionado los pistones para retrocederlos dentro de la pinza.
En cualquier caso si el disco no está alineado con la pinza el problema es que la frenada no es igual de consistente en todo el diámetro del disco y de ahí los trompicones.
Lo primero seria desmontar la rueda y asegurarse de que los pistones estén totalmente retraidos en la pinza, para ello quitas las pastillas y con un destornillador plano con la punta recubierta con un trapo y con cuidado empujas los pistones hacia dentro, los de los dos lados.
Una vez los pistones en su alojamiento montas las pastillas de nuevo y la rueda, la haces girar y frenas un par de veces. (es bueno tener la bici en algún soporte de taller o algo parecdio para esta operación, y nunca con la bici al revés.
Ahora vuelve a hacer girar la rueda en vacío y mira si gira fina o si al contrario se frena, escucha también si hay roce. Si va fina ya estamos, si no, deberás alinear la pinza, para ello afloja los dos tornillos que sujetan la pinza de freno a la horquilla (solo aflojar para que la pinza se pueda mover, no soltarlos) mueve la pinza un poco hacia los lados con la mano y luego mientras con una mano frenas y manteniendo el freno pulsado vuelve a apretar los tornillos alternativamente hasta que estén apretados (sin pasarse). Si todo ha ido bien la pinza debería quedar centrada aunque es posible que tengas que repetir el proceso una o dos veces.
Si con este procedimiento no logras centrar la pinza hay otros pero de momento a ver que tal.
Saludos.