En general se dice que si te duele la cara interna de las rodillas es porque vas con el talón demasiado metido, es decir, con la punta de los pies enfocando hacia fuera, en "modo pato". Deberías apuntar las calas un pelín hacia el dedo meñique para no juntar los talones.
Por experiencia propia, si no das fácilmente con la tecla, ve a un biomecánico y que te ajuste la bici. Yo pasé un mes lesionado por las calas y al final tuve que ir y fue mano de santo. Es caro cuando lo piensas de primeras, pero si caes en el pozo de lesionarte por ello te va a parecer baratísimo.