Pues te diría que poca, las manetas M6100 tienen abrazadera ISPEC-EV compatible con las manetas de 12v de Shimano, mientras que las M6000 son ISPEC-II compatible con manetas de 11 y 10v por lo demás diría que son iguales.
En cuanto a la pinza, incluso la M6000 se ve mas trabajada a nivel de mecanizado y posiblemente por eso el conjunto pese 10gr menos.
Por lo demás, son iguales y tienen las mismas tecnologías.
Yo tenía la pieza para colocar el GX en las manetas M6000, así que el M6000 tiene compatibilidad para poner los 12V con un adaptador i spec II o lo que sea.. hay gente que también tenía para los M7000 y M8000.
Ahora bien, para cambios Shimano 12V creo que también había.. pero no puedo asegurarlo.
No sé cuáles son todas las diferencias pero unas de ellas es el amarre al manillar, si buscáis una foto se ve fácilmente, la M6100 además de la abrazadera al manillar que está metida un pelín más para adentro, tiene un apoyo en el otro extremo, esto también es extrapolable a sus hermanos mayores slx, xt y xtr.
Cuando lo sacaron dijeron que tenía más potencia de frenado que el M6000.